建元龙凤。

此后三年里，红巾军兵分三路，大举进攻，东路由水旗令主毛贵率领大军，连破山东廖州，莱州，莒州、滨州等地。

中路由上旗及金旗令主率军，首先进击大名府，之后越过太行山，进入山西，攻下潞州、高平、除州等地。

至于西路军则由木旗令主李仲贤率大将白不信进窥关中，攻秦陇一带，不过在进入凤翔时陷入重围，溃败之后，李仲贤聚集旧部，进入蜀境，据成都一地，改扎青巾、自号“青巾军。”

龙凤四年二月，水旗令主毛贵所率之东路军，攻克济南府，大败元军，乘胜挥兵北上，直抵天津，直逼元朝大都北京。

而中路军也发动攻击，直取山西、河北，攻下了元朝的上都。五月间，刘福通率火旗令徒众，统领大军，攻下了汴梁，于是迎来小明王韩林儿，以汴梁为都城。

至此时，中原地区，差不多有三分之二为红巾军所控制，也是圣门势力最盛的时期。

不过，在这段时期里，各地的豪强地主，也趁着元朝的统治势力极度削弱之际，扩展各自的势力范围，割据一方，纷纷成立所谓的义军、乡军、民军。

此后数年中，各地的义军和乡军，为了争夺地盘而争战不休，而红巾军中则是龙蛇混杂，稍具规模之后，便发生内斗，争权夺利之际，圣门开始分裂。

睚十九年八月，最强大的一股元兵部队，由察罕帖木儿统领，在河南、山东连败红巾军，并且攻破龙凤政权的都城汴梁。日宗宗主刘福通于城破前，挟小明王突围，退至安丰一带。

棒年，南方徐寿辉的红巾军发生内讧，倪文俊和徐寿辉不和，率部从汉阳至黄州，结果被部将陈友谅所杀，陈友谅自称汉王，后来杀徐寿辉，在采石王通庙即帝位，国号大汉，改元大义。

由于陈友谅称雄于湖广、江西一带，故而史称“陈汉。”

在陈友谅称雄之时，徐寿辉手下之统兵征虏大元帅明玉珍，于至正十九时六月，击败木旗令主李仲贤所率之青巾军于普州。

至正二十年，明玉珍闻徐寿辉被杀后，遂与陈友谅决裂，次年，下嘉定，平成都，十月自立为蜀王。

到了至正二十二年正月，明王珍在重庆称帝、国号大夏，改元天统，史称“明夏。”

在此之前，郭子兴手下有朱元璋者，原为皇觉寺的行童，后为游方僧，曾托钵求乞于毫州、颖州，信阳、陈州，汝州等地，后来元兵烧毁皇觉寺、朱元璋逼于无奈，投入红巾军，加入圣门，初为步卒，后来被月宗宗主郭子兴看中，将义女马氏嫁给他，渐渐升为红巾军中之镇抚。

至正十五年三月，郭子兴病死，小明王韩林儿在毫州建立龙凤政权，郭子兴余部，派人至毫州受命。

小明王朝林儿确定郭子兴之月宗宗主地位，交由其子郭天叙继任，并将已空出之星宗宗主一位，授与郭子兴的妻弟张天佑。

然而为了摆脱圣门狭隘之帮派宗教色彩，并在军队职务上予以调整，遂任命郭天叙为和州都元帅，张天佑为右副元帅，朱元璋为左副元帅。

龙凤元年七月和九月，郭天叙、张天佑率兵进攻集庆时，两人皆被俘杀，朱元璋收纳两人余部，自认为明教月宗宗主。

龙凤二年的三月间，朱元璋亲率水陆两股大军，攻占集庆，于是改集庆路为应天府。七月，小明王升朱元璋为枢密院同俞，正式承认其月宗宗主之地位，并以其妻马氏为星宗宗主。